Черквата е построена след размирните кърджалийски времена в периода 1818 – 1823 г. Новата черква, която е със значителни за времето си размери, е изградена до сама южната стена на старата. Нейните майстори – строители са от Банско, а дърворезбената украса във вътрешността ѝ е дело на марангози (резбари) от Дебърската художествена школа.
През Възраждането до черквата се помещават метоси на Рилския и Зографския манастир, в които функционират килийни училища. Чрез монасите – таксидиоти, които събират дарения, будните панагюрци ходят на поклонение в двете най-големи духовни средища на Балканите, от където черпят вдъхновения и нови познания.
През 1834 г. църковната постройка претърпява частична повреда, като е поправена своевременно. Черквата пострадва сериозно по време на Априлското въстание (1876 г.), когато е изгорена и стенописите, иконостасът и голяма част от иконите са унищожени. Но веднага след Освобождението, през 1878 – 1880 г. е възстановена от брациговски майстори, а дърворезбата по иконостаса е изпълнена от резбари от Струга. Възраждането на храма става благодарение на доброволните пожертвувания (с труд и средства) на местното население.